বিসিএসআইআর তিনটি ক্যাটাগরীতে ফেলোশিপ প্রদান করে থাকে।

যথাঃ

১. পোস্ট গ্র্যাজুয়েট ফেলোশিপ

২. ডক্টোরাল ফেলোশিপ

৩. পোস্ট-ডক্টোরাল ফেলোশিপ

বিসিএসআইআর প্রতিবছর ৫০ জন গবেষককে ফেলোশিপ প্রদান করে। সম্প্রতি পরিষদের নবনিযুক্ত মাননীয় চেয়ারম্যান প্রফেসর ড. আফতাব আলী শেখ মহোদয়ের উদ্যোগে এই সংখ্যা আরও ১০০ জন বৃদ্ধি করে মোট ১৫০ জন করা হয়েছে এবং ফেলোগনের প্রাপ্ত সম্মানীর পরিমানও বৃদ্ধি করা হয়েছে। 

একটি নির্বাচনী পরীক্ষার মাধ্যমে  বিসিএসআইআর উপরে বর্নিত তিনটি ক্যাটাগরীতে ফেলোশিপ প্রদান করে থাকে। নিয়োগপ্রাপ্ত ফেলোগণ আকর্ষনীয় ভাতা এবং বিসিএসআইআর-এ বিদ্যমান সমস্ত গবেষণা সুবিধাদি প্রাপ্ত হন।